海船船员适任证书编码格式由英文大写字母和阿拉伯数字共15位组成。

04规则适任证书编码以一个大写英文字母(证书类别甲、乙、丙、丁的汉语拼音的第一个声母)表示适任证书的类别，J, Y, B, D分别表示甲、乙、丙、丁四类适任证书。

11规则适任证书编码以一个英文大写字母表示适任证书的类别，其中A表示无限航区适任证书，及无线电一、二级电子员和GMDSS通用操作员适任证书；B表示沿海航区适任证书，及GMDSS限用操作员适任证书。

由两个大写英文字母组成，表示发证机关的代码。

以一位阿拉伯数字表示持证人在船的工作的部门，其中1表示甲板部；2表示轮机部；3表示无线电通讯部门。

以一位阿拉伯数字表示的等级，分别为:

甲板部，1表示3000总吨及以上船舶；2表示500一3000总吨船舶；3表示未满500总吨船舶；4表示500总吨及以上船舶。

轮机部，1表示主推进动力装置3000千瓦及以上船舶；2表示主推进动力装置750—3000千瓦船舶；3表示主推进动力装置未满750千瓦的船舶；4表示主推进动力装置750千瓦及以上船舶。

海上无线电通信部，1表示GMDSS无线电电子员；2表示GMDSS操作员。

以一位阿拉伯数字表示船上职务，分别为:

甲板部，1表示船长；2表示大副；3表示二副；4表示三副；5表示组成航行值班的值班水手。

轮机部，1表示轮机长；2表示大管轮；3表示二管轮；4表示三管轮；5表示组成航行值班的值班机工。

无线电通信部，1表示GMDSS一级电子员；2表示GMDSS二级电子员；3表示GMDSS通用操作员；4表示GMDSS限用操作员。

以四位阿拉伯数字表示证书签发的年份。

由五位阿拉伯数字组成，表示同一发证机关当年所签发的适任证书的总序号(由计算机按签发的先后顺序自动生成)。