航海系下设航海教研室、船艺教研室、航海实验教研室。现开设有航海技术、海事管理（成人学历教育）专业两个，设有航海技术与商贸英语双专科专业一个。航海技术专业是学校的主干专业之一，是江苏省高职院校示范专业。航海系拥有一支与办学规模、办学层次相适应，学历、职称和年龄结构合理的师资队伍，共有教师22名，其中高级职称9人，中级职称 4人。在中级以上职称的教师中，“双师型”教师有11人,其中甲类船长5人、甲类大副5人。航海系拥有“大型船舶操纵模拟中心”、“GMDSS通信模拟训练室”、“雷达与ARPA操作模拟训练室”、天象馆等训练中心等十余个实验实训室，实训、实操设备的数量和质量均处于国内同类学校的领先地位。学生所持的证书与国际接轨，航海系学生在参加海船船员适任证书全国统考中一次性通过率和单科合格率均位列全国同类学校前茅，毕业生深受国内外航运企业的青睐，已连续多年供不应求，航海系的办学水平在国内外航运界享有较高的声誉。
学生毕业时除获得大专文凭外，还可获得国际通行的熟悉和基本安全、精通救生艇筏、高级消防、船上医护、精通急救、船舶保安员、雷达观测与雷达模拟器、自动雷达标绘、GMDSS通用操作员、三副适任证书等海洋船舶驾驶员所必需的专项证书；具有比较强的运用英语能力、适任海洋船舶驾驶员工作的能力强、有较强的与航运相关的商务管理工作的能力。